Το χειρότερο όλων όμως, συνέβη στις 13 Σεπτέμβρη του ’97, όταν σταμάτησε το πέταγμα του «αετού» Γιώργου Μητσιμπόνα. Έστω κι αν δεν ήταν τότε εν ενεργεία παίκτης της (αγωνιζόταν στην ομάδα του Τυρνάβου), η Λάρισα αποχαιρέτισε μαζί του ένα μεγάλο μέρος από το πάθος της για διάκριση και νίκη.
Οι φιλότιμες προσπάθειες ντόπιων παραγόντων να κρατήσουν την ομάδα όρθια στη μετά-Μπατατούδη εποχή δεν ευοδώθηκαν, τα χρέη που στο μεταξύ είχαν συσσωρευτεί βάραιναν στις πλάτες της και κανείς δεν μπόρεσε αυτή τη φορά, το καλοκαίρι του 2001, να την σώσει… Η ΑΕΛ έπεσε για πρώτη φορά στην Γ’ Εθνική, απειλήθηκε ακόμη και με διάλυση, με υποβιβασμό στο Περιφερειακό Πρωτάθλημα, κι έπρεπε να φτάσει στον πάτο για να σηκώσει πάλι κεφάλι, εκμεταλλευόμενη τον ευεργετικό νόμο περί ειδικής εκκαθάρισης…
Φλερτάροντας με τη Δ’ Εθνική
Κάπου εκεί εμφανίσθηκε στο προσκήνιο ο Νίκος Σωτηρούλης, που συντροφιά με τον αξέχαστο φίλο και συνεργάτη του Γιώργο Κατσογιάννη και την στήριξη των παραγόντων της Ερασιτεχνικής ΑΕΛ, με προεξάρχοντες τους Ηλία Φασούλα και Ζήση Χελιδώνη, πάλεψε τις πρώτες αρνητικές δικαστικές αποφάσεις, άντεξε στο κυνήγι ακόμη και της FIFA και δικαιώθηκε όταν την 7η Μαρτίου 2003 γινόταν ιδιοκτήτης της ομάδας που έναν χρόνο μετά μετονομάσθηκε σε ΠΑΕ ΑΕΛ 1964 και πανηγύριζε την επάνοδό της στην Β’ Εθνική.
Η ΑΕΛ σώθηκε την τελευταία αγωνιστική από πτώση στην Δ’ Εθνική και κατ’ επέκταση διάλυση, την σεζόν 2002–03 (η οποία ξεκίνησε με διοίκηση την Ερασιτεχνική και παίκτες σχεδόν …εθελοντές), την τελευταία μάλιστα αγωνιστική (φυσικά, ο καθοριστικότερος και συγκλονιστικότερος αγώνας της ιστορίας ήταν εκείνος που είχε προηγηθεί στα Χανιά, όπου οι «βυσσινί απέσπασαν ηρωική ισοπαλία 3 – 3 κι έμειναν ζωντανοί, καταδικάζοντας τους γηπεδούχους).
Η νέα περίοδος ξεκίνησε λοιπόν με άλλη δυναμική και στόχο την άνοδο, η οποία και επετεύχθη μετά από εξοντωτική κούρσα 38 αγωνιστικών… Στις 30/5/04 στο Αλκαζάρ, η ΑΕΛ σφράγισε την 2η θέση και το εισιτήριο για την μεγαλύτερη κατηγορία (που ουσιαστικά είχε εξασφαλίσει από τη νίκη 1 – 0 στους Λύκους μια αγωνιστική πριν), συντρίβοντας με 5 – 1 τον ήδη «καταδικασμένο» Ποντιακό Ν. Σάντας, ενώ η ιαχή «…Ξαναρχόμαστε» δονούσε το κατάμεστο Αλκαζάρ…
Με προπονητή τον Τάκη Παραφέστα, με ποδοσφαιριστές όπως οι Κατσάρας, Ζιάγκας, Κυπαρίσσης, Λεκίδης, Κεχαγιάς, Θεοδοσιάδης, Κοντοδήμος, Λάζορικ, Μποζίλοφ, Κακαζούκης, Καπρινιώτης, Παλαιολόγος, Γρηγορίου, Φλώρος, Παπακώστας και με νέο ξεσηκωμό του κόσμου που ακολουθούσε παντού, η ομάδα έπεισε ότι πραγματικά επιστρέφει… Εκείνος που έφυγε, ήταν ο εμπνευστής και θεμελιωτής αυτής της προσπάθειας, ο Νίκος Σωτηρούλης, που λίγες ημέρες μετά, στα μέσα Ιουνίου, έδωσε την σκυτάλη στο νέο ιδιοκτήτη και πρόεδρο Κώστα Πηλαδάκη. Μια νέα εποχή είχε ήδη ξεκινήσει…
Η νέα εποχή
Κι επειδή η καλή μέρα φαίνεται από το πρωί, η διοίκηση, η τεχνική ηγεσία με επικεφαλής τον Γιώργο Δώνη, οι ποδοσφαιριστές με ουσιαστικό αρχηγό τον Θωμά Κυπαρίσση κι ο ανεπανάληπτος φίλαθλος κόσμος, που προκάλεσε τον θαυμασμό όλης της Ελλάδας, οδήγησαν εκ του ασφαλούς την ΑΕΛ στην Α’ Εθνική, μετά από εννέα χρόνια απουσίας.
Οι 19 (!) μεταγραφές που έγιναν το καλοκαίρι του 2004, άλλαξαν άρδην τη σύνθεση του έμψυχου δυναμικού κι ο εξίσου νεαρός και φιλόδοξος προπονητής της ΑΕΛ χρειάστηκε χρόνο για να δώσει στην ομάδα την απαιτούμενη ομοιογένεια. Το μέτριο, λοιπόν, ξεκίνημα αντιμετωπίσθηκε απ’ όλους με υπομονή και ωριμότητα, μ’ αποτέλεσμα να γίνουν οι σωστές διορθωτικές κινήσεις τον Ιανουάριο και η ΑΕΛ να καλπάζει από επιτυχία σε επιτυχία.
Η κατάκτηση της πρώτης θέσης με 58 βαθμούς ήταν η φυσική συνέπεια αυτής της μεγάλης προσπάθειας ομάδας και κόσμου, που πανηγύριζαν την επάνοδο στην Α’ Εθνική μετά από 9 «πέτρινα» χρόνια επί 10 μέρες! Από την Κυριακή 15/5/2005 που αυτή πιστοποιήθηκε στην Καστοριά, παρουσία 4.000 Λαρισαίων φιλάθλων οι οποίοι συνόδευσαν την αποστολή κατά την επιστροφή με κομβόι αυτοκινήτων μήκους 5 χιλιομέτρων κι έκαναν μεταμεσονύκτιο πάρτι στο Αλκαζάρ, ως την Τετάρτη 25/5 και την φιέστα που στήθηκε στο λαρισινό στάδιο για την κατάκτηση του τίτλου μετά τη νίκη επί της Προοδευτικής.
Εκτός των Κυπαρίσση, Παπακώστα, Ζιάγκα, Παλαιολόγου, Φλώρου, Γρηγορίου, που συνέχιζαν από την προηγούμενη σεζόν, ποδοσφαιριστές όπως οι Χριστόπουλος, Κηπουρός, Μπαχράμης, Γκίκας, Στουρνάρας, Φέρστερ, Κατσαρός, Διγκόζης, Τσιάτσιος, Μακρής, Αμπούνα, Νεντέλκοβιτς, Σίσιτς, Πάσιος, Χατζηλιόντας, Γκαλίτσιος και άλλοι, ήρθαν να προσθέσουν τα ονόματά τους στις σημαντικές σελίδες της ιστορίας της ομάδας. Μάλιστα, δίπλα τους στάθηκε από το καλοκαίρι ως τον Δεκέμβριο ο πρώτος Έλληνας εν ενεργεία σκόρερ Αλέξης Αλεξανδρής και στην συνέχεια ένα πολύ μεγάλο όνομα των Ευρωπαϊκών γηπέδων, ο Ρουμάνος διεθνής μέσος Ντένις Σέρμπαν, με θητεία σε πολλές ομάδες, κορυφαία εκ των οποίων υπήρξε η ισπανική Βαλένθια.
Την ίδια σεζόν, παρότι ομάδα Β’ Εθνικής, η ΑΕΛ έφτασε στους «8» του κυπέλλου, έχοντας αποκλείσει κατά σειρά Αχαρναϊκό, Απόλλωνα Αθηνών και την Χαλκηδόνα της Α’ Εθνικής, πριν αποκλεισθεί από την «Ευρωπαία» Ξάνθη, την οποία ωστόσο νίκησε με 1–0 στο πρώτο ματς του Αλκαζάρ, μετατρέποντας τη ρεβάνς σε πραγματικό ντέρμπι. Ήταν ο προάγγελος της μεγάλης επιστροφής…
